En este articulo de explicare como eliminar el virus que te desaparece tus carpetas y archivos de tu memoria USB y te crea accesos directos en esta con le nombre de tales carpetas.

• Lo primero que debes tener es una PC con si antivirus actualizado, puedes descargar una version gratis o de prueba de aca AVG Antivirus y tambien de aca AVAST.
• Ahora conecta tu memoria USB y si el antivirus esta actualizado te lo eliminara de inmediato.
• El truco viene ahora para recuperar tus carpetas ocultas pues en el explorardor de Windows si el menu del explorador no te aparece arriba por la barra de direccion presiona la tecla ALT de tu teclado luego selecciona Herramientas, Opciones de Carpeta, pestaña Ver, y en las opciones de abajo busca las que dicen "Mostrar archivos ocultos y de sistema" seleccionala sino esta seleccionada, y luego la opcion "Ocultar archivos protegidos del sistema(recomendado)" y dale clic para quitar el check para desmarcar el sistema te preguntara si realmente quieres hacerlo dale clic en "SI" luego aplicar y luego aceptar.
• Listo aparecen tus carpetas que creiste perdidas por el virus bien ahora  presiona la tecla SHIFT y luego da clic con el mouse en una parte vacia de la ventana y selecciona "Abrir ventana de comandos aqui" escribe ATTRIB *.* -R -H /D /S y espera un momento a que tus carpetas se restablezcan.
• Esta es una manera complicada de hacerla pero la describo en caso que no tengas alguna herramienta extra como Total Commander que es una manera mas sencillay practica de hacer el trabajo.

Nota: recuerda restablecer las propiedades que modificastes a su estado original para evitar futuros problemas con archivos de sistema.